O CIMA adotou recentemente uma nova organização interna, na qual todas as áreas de especialização se podem relacionar como um valor agregado em domínios de investigação comuns. A equipa de investigação do CIMA está organizada em dois principais domínios de investigação:

- Dinâmica oceânica e costeira

O foco principal deste grupo é aprimorar o nosso conhecimento dos processos eco-hidrodinâmicos nas águas costeiras (incluindo estuários e lagoas), a observação do oceano (através de oceanografia operacional e deteção remota), concomitantemente com o estudo de processos que afetam áreas costeiras (praias, margens rochosas e barras de maré) e avaliação de riscos associados.

- Sistemas ambientais e recursos 

Este grupo dedica-se a investigação aplicada com o objetivo de aumentar o bem-estar e a sustentabilidade da nossa sociedade num contexto de um mundo em mudança. As suas principais atividades de investigação estão relacionadas com as mudanças climáticas, a qualidade ambiental, a ecotoxicologia associada à exploração do mar profundo, a produção de energia de recursos marinhos e resíduos industriais e, o desenvolvimento de energia renováveis marinhas.